被告人李某明知植物检疫证书应到林业部门开具，而买卖他人植物检疫证书，且所买卖植物检疫证书系伪造证书，其行为已构成买卖国家机关证件罪。公诉机关的指控罪名成立。案发后，被告人李某能够主动投案，并如实供述自己所犯罪行，具有自首情节，可从轻处罚。故法院依法依被告人李某犯买卖国家机关证件罪，判处有期徒刑六个月，缓刑一年，并处罚金人民币一万元。